Вы сделать 2 регистрации, в любом случае, технически можете. Вопрос как это расценит госуслуги. Лучше их напрямую спрашивать.
Человеку, у которого одновременно было 2 регистрации из Барселоны на разные рейсы, ответили, что они сами выберут в список на какой рейс его включать.