Да определенные порты порой не хотят обновлятся уходят в конфлкит.
сложно сказать. НО лично я уверен что у каждого "порт прерывается" есть "имя, фамилия, отчество", вот не зная о чём речь конкретно я не могу ничего сказать. Но я с "глюками портмастера" не сталкивался уже крайне давно. Есть некоторые тонкости при обновлении портов типа gettext в момент разделения на два, но всё разруливается