M N
Сразу скажу два варианта: 1. Посмотреть какие модули ставятся вместе с основой частью и не обновлять их через интерфейс - суммы будут целы. 2. Не ставить из портов его и обновлять через нтерфейс (поставить из портов, перенесте в другое место, удалить из портов, вернуть обратно - а далее все через интерфейс). В моменты сомнений делать бекапы.
Наверное я склонюсь ко второму варианту. Даже если NC с обновлением захочет новый модуль php, так я его руками докину, это не сложно и можно будет подсмотреть в том же порту, а так когда он себя контроллирует (кстати у него тоже есть внутренняя проверка чексумм) вроде как проще, и да zfs снапы спасают...