Так в том-то и дело, что оно не нафиг сломалось, а человеческим языком молвит о смене формата метаданных, за которые pkg и отвечает. И -f a тоже не нужен - сами пакеты-то в порядке. Pkg 1.12.x готовили почву, кто не забывал регулярно обновляться - пережили незаметно. Да и в коммитлоге прописано про ‘pkg bootstrap -f’