В том, что коммерческой тайной назначают то, что прямым текстом в законе запрещено назначать коммерческой тайной — в первую очередь. Дальше там начинаются тонкости с тем, что человек под роспись должен подтверждать то, что до его сведения довели что вот именно этот документ составляет тайну. Т.е. да должна существовать система грифов. Коммерческая тайна не может быть зонтичной.
А если в документе написано, что нельзя разглашать зарплату, хотя в законе сказано, что можно, остальные же запреты действительны?