в бутстрапе в начале раздела по модалкам написано что это антипаттерн и этого лучше избегать. з.ы. по сабжу глянь на тэг бади, я дважды ловил на бс баг когда каждое закрытие модалки ему плюсует паддинг справа 16пикс. и посмотри у них в их гитхабе ишьи я кажется или там, или в гугле решение нашел в результате
тут наверное что-то подобное..... надо поискать твою инфу