Как деплой сайта происходит у нас:
Код в гите
На хостинге делаем гитклон в новую папку с именем даты когда происходит релиз.
Собираем приложение.
После этого делаем симлинк на свежую версию.
И так каждый раз.
Храним фиксированное кличество версий на всякий случай.
——-
При этом нужно понимать важное. Есть приложение - твой сайт. И есть данные - база, файлы пользлвателей, какое-то медиа.
—-
При деплое трогаем только приложение.
Трогаем существющую базу, если это требуется. Например добавляются таблицы поля и тд
Трогаем файлы пользователей и прочее медиа если это действительно нужно. Переносишь на другой сервер или что-то иное.
——
Выводы
Не храним медиа и пользовательски файлы в гите
Не храним дампы базы в гите, в гите толькл миграции по развертыванию схемы базы и загрузка ТОЛЬКО требующихся для работы данных.