минус в том, что если на ваш проект придёт +1-2-3 человек которые знают цсс хорошо но в гробу видели бутстрап то они будут лажать в этом коде.
бутстрап он для быстрого прототипирования.
Проблемы с ним появляются когда начинаешь чтото кастомизировать под себя и оказывается что это сложнее.
проще делать на цсс. потому что это гибче