В github (наверняка и в bitbucket, gitlab, stash) при мерже есть чекбокс "squash and merge" который делает как раз описанную вещь
через консоль можно как вариант переключиться на эту ветку и сделать
git reset --soft <хеш коммита от которого отпачковалась ветка>
git commit -m "Сообщение нового коммита"
git push --force
таким образом вся ветка будет заменена одним большим коммитом, потом это можно замержить