Для этого и сделали интерфейсы, почему бы не поддержать интерфейсы в инпут типах?
Потому что кроме теории существует практика. У GraphQL множество реализаций на разных языках, которые поддерживает community. Вводить кучу новых фич (а их придумать можно очень много) просто опасно тем, что совместимость развалится - какие-то реализации будут запаздывать, кто-то вообще откажется от поддержки. В подобных проектах лучше 10 раз сказать нет, чем да. Они будут выбирать самые важные штуки и вводить их медленно, это очевидно