Либо напрямую напрямую нативный db driver юзать, либо knex query builder (
https://knexjs.org)
В случае с GraphQL в большинство query fields будут использоваться либо data loaders (SELECT * FROM <table> WHERE id IN [ ...]) либо похожие не сложные запросы - большинство задач решается без использования JOIN-ов.
Sequelize в связке с GraphQL имела бы смысл, если GraphQL типы генерятся автоматом на базе сущ моделей, а если нет - то это как исползовать одну недоделанную ORM поверх другой (недоделанную, потому что на других стэках ORM умеют генерить миграции автоматом считывая данные из модели)