Аликс забыла, технологии альянса в Аликс получше чем в ХЛ2. Ну и ещё заражение ксенофауной, которой не видно в хл2, но тут можно сказать что просто альянс справился со своей задачей.
Есть теория что все сопротивление это агенты альянса для того чтобы человечество думало что у него есть и так сопротивление и не надо сопротивляться, раз уже есть те кто сопротивляется