Уже в 1917 году было выяснено, что бриллиантовый зелёный является одним из самых высокоактивных и быстродействующих антисептиков (активен в отношении
грамположительных бактерий)[1][16][24], также оказывает
фунгицидное действие в отношении некоторых
патогенных грибов[1][19]. Менее эффективен против
грамотрицательных микроорганизмов и неэффективен против кислотоустойчивых бактерий и
бактериальных спор[19]. В водной среде действует губительно на культуру
золотистого стафилококка (Staphylococcus aureus)[1] в концентрации 1:10 000 000, его
феноловый коэффициентruen равен 40 000. Высокую чувствительность к бриллиантовому зелёному обнаруживает
дифтерийная палочка (Corynebacterium diphtheriae)[18]. В присутствии органических веществ противомикробная активность снижается: при оценке активности этого красителя в среде, содержащей 10 % сыворотки крови, феноловый коэффициент равен 120 (0,3 % от величины в водной среде)