так разницы нет, если это одна авиакомпания. Они должны обеспечить пересадку, потому как вы не можете воспользоваться Прага-Москва отдельно. Проблема может быть только если они сами не посадят на рейс.
Разница есть. Если раньше сажали на следующий рейс через х часов, сейчас следующий ресь может быть через х дней. Сейчас самолеты летают достаточно пунктуально, но я бы не рисковал с 40 минутным трансфером.