Апостиль ставится в зависимости от типа документа. Например, документы выданные в загсах апостилируются либо в загсе, либо в региональных отделениях загс. Дипломы вузов, соответственно в учреждении от минобразования. Остальные справки и прочее — мининистерство юстиции.
Общий план такой. Где документ был выдан, там и нужно спрашивать, как и где его апостилировать.