IG
В общем в фреймворке не может находится executable file если приложение публикуется в appstore.
Может можно подписать как-то другим сертификатом только сам скрипт, но не знаю, пройдёт ли потом проверка при публикации.
Executable файл может стать 2 способами: или у него через chmod стоит флаг x (executable), или если это скрипт и у него первой строкой стоит строчка #!bin/sh.
https://ru.m.wikipedia.org/wiki/Шебанг_(Unix)
Мне было достаточно удалить эту первую строчку из своего strip-frameworks.sh и после этого теперь App Store пропускает приложуху с моим фреймворком с strip-frameworks.sh внутри, скрипт выполняется при вызове в приложении.
Я так полагаю, что если нужно впихнуть в Фреймворк что-то отличное от скрипта, но тоже исполняемое, то можно этому файлу убрать флаг x с помощью chmod в консоли.