Александр
в дереве проекта в самом xcode одна иерархия, а в файловом менеджере чтото отличное от этого
Если хочешь, чтобы папки были созданы физически, то надо создавать через New group WITH folder, в ином случае разбивка будет лишь логической и закрепляться в pbxproj.