UINavigationController так и останется, будут манипуляции только с баром. По сути можно и бар оставить, просто я не знаю насколько расиво внутри него будет двигаться UISearchBar. Но принципиальной разницы нет, или внутри системного бара менять и потом его делать прозрачным/прятать, или сделать это своей вьюхой. Механизм один и тот же