Мне нужно, чтобы в одной секции была одна ячейка размером 200, а во второй секции были ячейки размером 40, все так и получается, когда массив для заполнения второй секции не пустой, а когда он пустой, то во второй секции высота ячейки 200
Это скорее всего таблица вставляет сама, это по сути и не ячейки, надо поставить пустой uiview для футера самой таблицы tableView.tableFooterView = UIView()