блин, всё так сложно, я раньше писал на питоне и использовал пайчарм. там всё было просто, были независящие друг от друга программы, не было заголовочных файлов
Так и прнцип работы отличается
После сборки с/с++ ты на выходе получаешь единственный бинарный файл который и запускаешь
В питоне интерпретатор просто по очереди запустит переданые файлы