Видимо стандартная лиьа не позволяет использовать бота как бин
Ещё раз, нет никакой проблемы использовать бота как бин, ты наследует LongpollingBot и на него можешь весить компонент, если в Api нужно зарегистрировать, то после создания возьми этот синглтон из контекста и зарегистрируй