Entity - отображение таблицы на класс в Java
DAO - один из паттернов работы с бд, обертка над JDBC-апи для работы с sql-запросами
Repository - специальный паттерн для работы с бд, более высокоуровневый, чем DAO, тут ты по сути работаешь со своими Entity, как с коллекцией, реализация работы с JDBC скрыта. Соответственно для своего проекта выбираешь или DAO, или Repository.
Service - паттерн Service Layer для описания работы business-logic твоего приложения, включает в себе другие DAO/Repository классы, работу с файловой, системой, очередями и другими источниками данных.