Ты серьезно хочешь таким костыльным способом описывать кораблики на поле? Во-первых, есть класс Files и метод readAllLines(), во-вторых, чтобы не писать вырвыиглазные циклы, есть stream Api,
lines.stream().map(str -> Stream.of(str.split(“ “)).map(Integer::valueOf).collect(Collectors.toList()).collect(Collectors.toList());