я уже задолбался эту проблему решать)

Почему у тебя веб хмл вообще присутствует в репе

ну он пустой

@Bean
   public DataSource getDataSource() {
       DriverManagerDataSource dataSource = new DriverManagerDataSource();
       dataSource.setDriverClassName(env.getProperty("db.driver"));
       dataSource.setUrl(env.getProperty("db.url"));
       dataSource.setUsername(env.getProperty("db.username"));
       dataSource.setPassword(env.getProperty("db.password"));
       return dataSource;
   }

   @Bean
   public LocalSessionFactoryBean getSessionFactory() {
       LocalSessionFactoryBean factoryBean = new LocalSessionFactoryBean();
       factoryBean.setDataSource(getDataSource());

       Properties props=new Properties();
       props.put("hibernate.show_sql", env.getProperty("hibernate.show_sql"));
       props.put("hibernate.format_sql", env.getProperty("hibernate.format_sql"));

       props.put("hibernate.hbm2ddl.auto", env.getProperty("hibernate.hbm2ddl.auto"));
       props.put("hibernate.dialect", env.getProperty("hibernate.dialect"));

       factoryBean.setHibernateProperties(props);
       factoryBean.setAnnotatedClasses(User.class);
       return factoryBean;
   }

   @Bean
   public HibernateTransactionManager getTransactionManager() {
       HibernateTransactionManager transactionManager = new HibernateTransactionManager();
       transactionManager.setSessionFactory(getSessionFactory().getObject());
       return transactionManager;
   }
Вот такой код может два объекта класса session factory создать?

нет

и зачем тебе session factory вообще?

с бд работать с помощь hibernate