Я сейчас делаю маленький десктопный планер. Использую либу для примитивных анимаций javafx, и, соответственно, сам проект тоже на javafx.
И либа, и мой код используют одинаковые модули javafx. На что компилятор злится. В таком случае, выход - брать исходник либы и добавлять в свой код. Бредово и грязно. Иначе - никак.
Другой пример: автоматические модули. Если таков есть, то jlink, которым я собираю свое jre, злится и просит их не использовать.
Приходится вручную "вшивать" модулярность в либу, а тогда использовать. Если, конечно, не выскочит такая проблема, как я описал выше.