Так и выберите только их в нужную модель DTO для отображения, оставив связку по подразделению только в модели уровня бд и sql, а на уровне модели DTO добавив прямую связь пользователь - организация.
Или проекции посмотрите, как выше советовали.
Это не избавит от лишних join в БД, но прежде чем оптимизировать структуру, можно подумать кэше.
Для поиска можно закешировать мапы с iuser-iorg и iorg-iuser по id, или полные обьекты. Либо сделать кеширование методами
@Cashable с ehcaсhe, либо
закинуть в ElasticSearch как то так. Придется инвалидировать кэш при изменениях изнутри приложения, при сторонних изменениях в БД кэш разойдется - это потребует отдельного решения инвалидами кеша.