Как решил? Делись с сообществом методом
В корневом модуле: плагин был объявлен, для каждого сабмодуля он апплаелся. Что предпринимал: эксклюдил апплай плагина для модулей, где хочу юзать другую версию, не вышло (плагин даже не аплайнутый всё равно добавляется в класспасс модуля и сабмодулей). Далее хотел перевести весь проект на спринг 5 (хуйня затея, не ведитесь на это). В итоге прописал в отдельных модулях (их порядка 20 штук) зааплаенный плагин