Или как оболочка над SQLite
может лучше h2, раз уж на джаве? тоже легкая, тоже можно как in-memory, так и в одном файле. ну и не понимаю, почему бы не затянуть хибернейт, пускай и на h2. если нужен готовый орм с коннекшен пуллом - одна зависимость, пара строк в конфиге и все готово. лучше, чем велосипедить, имхо