1.
@NoRepositoryBean + Generic crud repository - это ты уже сделал
2. Отнаследовать конкретные репозитории + пометить их аннотацией
@Repository и указать конкретное имя
3. Там где тебе требуется, заинжектить мапу бинов Map<String, YourRepository>, где ключем будет имя из п.2, а значением инстанс конкретного репозитория
4. Дальше как параметр из вне передаешь имя, извлекаешь из мапы репозиторий, кастишь, вызываешь нужны метод.