Я бы сделал так создал бы двумерный массив и scanner, на сканнере делаешь три переменные, первое ты вводишь значение а, что является строкой, b - пусть будет столбец, ну а последнее это будет значение, которое ты хочешь ввести выборочно, и потом эти значения ставишь в массиве: название_массива[а][б] = значение_массива. Вот как-то так