По описанию на первый взгляд jsonnet это тот же манифест куба, только в жсоне, а не в ямле. А хелм вроде как всё же добавляет ещё один уровень абстракции, объединяя и шаблонизируя несколько объектов, например.
helm, это шаблоны по тексту, да ещё ужасные и на go-template. jsonnet это нативная работа со структурами данных. Отлично переиспользуется и следует принципам DRY. Можно писать кучу либ и выносить их в общий код, для всех проектов. А _helpers.tpl это слезы. Ну jsonnet всегда возвращает конечную валидную структуру, в отличии от шаблонов по тексту.