NL
В конце концов выяснилось, что падение случается в момент обновления jar файлов на сервере.
Как теперь уже нам понятно - в OpenJDK есть бага. Если попытаться открыть недописанный zip файл, то JVM крашится.
Можно просто взять произвольный jar/zip и начать откусывать от него по байтику. В какой-то момент получится файл при попытке открыть который происходит краш.
И похоже он очень старый и до сих пор актуальный...
Вот такой вот баг натива... Врождённый...