В общем есть свайпер с loop: true. В документации fancybox есть код, который позволяет не отображать в fancybox дублирующие слайды. Судя по примеру со slick работает нормально. А со swiper проблемы. При открытии fancybox почему-то всем дублирующим слайдам ставится display: none, fancybox-content присваиваются классы swiper-slide и вообще какая--то херня происходит со слайдером.