смотри. пусть коммит 45cb6 (origin/master, origin/HEAD, physics) будет A
, а те что ты сделал будут B,C,D
я могу тебе предложить два варианта:
1) мы делаем три новых коммита, но в них ты удлаляешь большине файлы, получаем коммиты B', C', D'
2) мы делаем один большой коммит BCD
в котором всё.
оба варианта несложные. точно не нужны B', C', D'
и пойдет один BCD
?