jQuery решала несколько задач одновременно
1. полифилинг недостающего или неконсистентного функционала у браузеров. Тогда был целый зоопарк браузеров, некоторые из которых что-то не умели или делали не так, как другие, jQuery приводил все к общему знаменателю и программисту не нужно было заботиться об этих различиях в своем коде и можно было сфокусироваться на бизнес логике, а не на хаках.
2. удобные селекторы. до сих пор jQuery умеет больше, чем браузеры нативно.
3. анимации из коробки - в js ничего подобного нет и не будет, но в принципе есть такие либы как greensocks например
4. стандартизированная платформа для расширений - вспомните все те 100500 плагинов, которые существовали для jQuery