setTimout именно тот, который вы вызываете добавится в колстек и сразу же удалится. Он будет ждать в вебапи 5 сек, потом, как результат выполнения асинхронной операции, вебапи отправит в колбек кью какой-то setTimeout handler (это какая-то внутренняя реализация). Затем этот handler попадет в колстек и вызовет функцию innerTimeout и она тоже появится в колстеке