Короче, если у тебя всё запушилось, в гитхаб пейджес всё отображается как задеплоенное и ты при этом не юзаешь вебпак с генерацией хэша для подключаемых модулей, то скорей всего просто всё закешировалось. Если у тебя структура проекта состоит из трёх файлов, то попробуй дописать к подключаемым файлам ?ver=1 в конце. к примеру module.js?ver=1 и запуш еще раз.