git-crypt - это плагин для Git'а а не для Gitlab'а, то есть его можно использовать и там и там)
Единственная проблема с которой я столкнулся, это то что gitlab-runner'у тоже нужен установленный git-crypt, если он запускается в докере, то ему нужно подпихнуть helper-image с установленным git-crypt