Спасибо за подсказку - разобрался. Дело оказалось в том, что крита была в аппимэдж, а гном во флатпак. Не знаю, что делать с аппимеджом, который "одним куском", а вот флатпак удалось уговорить: у них во флатпаке для каждого приложения свой themerc и если раньше "всё работало и так", то сейчас для каждого глючащего приложения нужно создавать свой gtkrc (который сам, автоматически, пропишется в themerc) где нужно указывать требуемый размер шрифта.
Или, второе решение: не ставить такие приложения через флатпак и аппимэдж. Снап я проверять не стал =)
upd: На новом пользователе у меня та же картина, что и на основном =(