Я вот на что наткнулся. Если цветовая схема любая. в том числе любая из Breeze, кроме "Breeze, тёмный вариант", то со значками на latte-dock всё в порядке, все из выбранной темы иконок. А если выбрать цв.схему "Breeze, тёмный вариант", то некоторые значки на latte-dock меняются на свои дефолтные.