По крайней мере, если ты пользуешься ВК в том же browsere, то он не даст доступа к содержимому файловой системы. И как бы JS-скрипты можно прочитать, что они пишут и что пиздят с компа.
Хотя, если учесть, что этот vk-messenger разрабатывают вообще какие-то васяны, то они запросто могут тырить всё подряд. Фотки с пенисами своим знакомым подругам потом показывать - там потом гляди и свадьба наметится.