Зависит от менеджера пакетов. Тут как понимаю это apt, а его команды для перестановки не очень знаю (да и не только apt не знаю, ибо очень часто пользуюсь GUI для установки)
очень поверхностно: грузишься, монтируешь рут куда-нибудь, получаешь список установленных пакетов, переустанавливаешь их с указанием смонтированного рута