Я имел в виду систему, в которой все, что нужно, поместится в бутлоадер -- всякие бутлоадер-игры и все такое
Другая память -- часть памяти, которая не поместилась в 512 байт при компиляции такой системы или была сознательно вынесена.
Да, конечно будет, но я попытался вот так вот отделить. Можно ещё делать и то и то, например, в бутлоадере настраивать какое-нибудь поведение остальной части (можно назвать ее ядром, если угодно)