Что уж там "Невинность мусульман".
Ещё на этапе режиссёрского замысла картина уже стала объектом массовой критики и преследования, в особенности со стороны религиозных организаций. Столь вольную трактовку Нового Завета критики называли откровенной ересью. Не помогло и предупреждение в начале фильма о том, что он не является экранизацией Евангелия или других священных книг. Крайне оскорбительной нашли сцену, в которой Иисус наблюдает за тем, как проститутка Мария Магдалина принимает одного за другим своих клиентов. Неприязненно отзывались также о подборе актёров. Уиллем Дефо, до того известный большей частью по экранным образам негодяев, считался не самой лучшей кандидатурой на роль Христа. Для самого Уиллема выбор его на роль Христа стал неожиданностью. Однако самой шокирующей для представителей различных христианских конфессий в США и за их пределами прежде всего стал финал фильма с последним искушением и изображение на экране близости Христа и Марии Магдалины.
Несмотря на то, что студия Universal, в сущности, снимала её себе в убыток, представители компании встали на защиту творения Скорсезе. Понимая, что картина станет объектом ожесточенной критики, режиссёру прежде всего дали возможность спокойно закончить фильм. Далее компания провела несколько встреч с прессой, организовала серию статей в защиту фильма, пытаясь успокоить страсти. С этой целью Universal даже наняла группу политтехнологов, которые участвовали в предвыборной программе Майкла Дукакиса.
Основатель движения Campus Crusade for Christ Билл Брайт отозвался о фильме и режиссёре так: «Историю о Христе, который мечтает слезть с креста, дабы вступить в сексуальные отношения с Марией Магдалиной, снял психически больной, одержимый алчностью человек». Брайт даже предложил начать сбор средств с тем, чтобы выкупить негатив фильма и уничтожить. Представители компании Universal ответили на это выступление открытым письмом, где сообщалось о том, что подобные заявления — прямое покушение на свободу слова, оговорённую Первой поправкой.
К критикам присоединились известные американские проповедники Джерри Фалуелл и Дональд Уилдмон. Режиссёр Франко Дзефирелли, узнав о том, что «Последнее искушение…» попало в конкурсную программу Венецианского кинофестиваля, снял с показа свою картину «Молодой Тосканини».
За два дня до выхода фильма католическая церковь Соединенных Штатов присоединилась к оппозиции и присудила картине класс «О» (morally offensive — оскорбляет мораль), а также предупредила 53 миллиона католиков страны, что фильм разрушает христианские ценности. Одиннадцатого августа 1988 г., за день до выхода фильма, специальная коалиция религиозных организаций устроила массовый протест около студии Universal. Двадцать пять тысяч человек разных вероисповеданий, держа Библии, распятия и плакаты, пели в знак протеста, в то время как лидеры провозглашали: «Мы начинаем протестовать… С христианским смирением покончено».
Когда компания Universal решила перенести демонстрацию фильма на шесть недель раньше, на 12 августа 1988 г., протесты усилились, и владельцы кинотеатров занервничали. Джеймс Эдвардс-младший, владелец 150 кинотеатров Эдвардса по всей стране, предупредил Universal, что, если в фильм не будут внесены «некоторые изменения», он не будет показывать его в своих кинотеатрах. Главы сети кинотеатров United Artists, состоящей из 2000 кинотеатров, и сети General Cinema Corporation, состоящей из 1339 кинотеатров, заявили, что не будут демонстрировать фильм ни при каких обстоятельствах.
Протестующие появлялись в каждом кинотеатре девяти городов, где проходила премьера: Лос-Анджелеса, Нью-Йорка, Сан-Франциско, Вашингтона, Чикаго, Сиэтла, Миннеаполиса, Монреаля и Торонто. В ожидании беспорядков в кинотеатрах была усилена охрана. В Лос-Анджелесе один из протестующих залил желтой краской рекламный плакат и одно из окон кинотеатра, а 400 демонстрантов раздавали религиозные брошюры. Сотни протестующих появлялись и в главных кинотеатрах других городов.