Ну я думал так как вы написали выше)) Типо каждый класс паралельно компилируется. Во время запуска все это склепается в одну кучу компилятором и запускается. К примеру Ресурсы. Они статичные же...Нахрена их компилить каждый раз...
Относительно сборки Java вы используете соответствующий плагин, что как бы намекает на то, что отсутствие параллелизации работы со сборкой именно Java кода - скорее проблема (если вообще проблема) плагина для джавы, а не градла