В целом gradle.kts - это правильный вектор. Я тоже начал лучше понимать градл и, между прочим, пончял, что там есть несколько голбальных проблем в самом градле.
Если вы хотите, чтобы по ключу в extension менялась конфигурация проекта, надо передавать проект в конструктор этого экстеншена и мутировать его на месте, что не безопасно и вообще плохо.