А
1. Не учитывают особенности проекта
2. Схема может быть не продуманной, не оптимизированной и впоследствии автор решит все переписать. Как мигрировать теперь данные, если их много?
3. Пакет (например, ситуация с паспортом, где добавили provider в таблицу) может в новом релизе добавить только миграцию, которая тебе не нужна, но без обновления которого ты не сможешь перевести проект на новую версию фреймворка/языка
4. Все пакеты должны быть абстрактными, в этом и состоит их универсальность, а когда ты пишешь миграцию, об универсальности можно забыть. Что если я хочу использовать редис? Или графовую бд?