Допустим app\[services, repositories, components, dto]
Или app\[services[components, dto], repositories]
Ну или еще как. Вроде как структура ниче получается, но всё же нужно к какому то стандарту прийти. Работаю сам, от того такой вопрос
в принципе вопрос правомерный...
если проект большой, то неправильно расположенные файлы и папки потом добавят головняка....
возьми какой-нибудь редактор диаграмм и смоделируй визуально - что куда положить с предполагаемым количеством файлов внутри - поможет прояснить