Или может подключить облако с его мощностями? ))
Не знаю, но мне кажется, что ошибка где-то простая и глупая. Хочу ее найти. Ну не может быть, что в хтмл генерится за мгновение, то в пдф занимает минуты и десятки минут.
в принципе - может, поскольку хтмл - "родной" для пхп, а ПДФ - нет :)
но про ошибку - конечно тоже может быть...