Что ресурсно-затратнее: удалять все записи из таблицы и заполнять её по новой данными или проверять есть ли в БД строка из файла, которая сейчас должна добавиться?
То есть, если я по новой гружу файл с городами, например, то лучше очистить таблицу и по новой её заполнить из файла или постоянно проверять, что "вот города Одесса нет - добавляем, а вот город Киев есть - его не нужно"